Prapovijesna zbirka jedna je od tri zbirke temeljene na kronološkom slijedu materijala koji čini njihov fundus. Materijal prapovijesnog odjela činio je prvu jezgru pri formiranju Gradskog muzeja početkom stoljeća (1902. god.). S predmetima iz grobova prapovijesne nekropole grada, koju je istražio A. Gnirs i nalazima iz prapovijesne nekropole Nezakcija, Zbirka je po broju i vrijednosti predmeta postala glavnom okosnicom Muzeja Istre (Regio Museo dell' Istria, 1925. god.) i Arheološkog muzeja Istre u Puli utemeljenog 1947. godine.